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一看就会-如何读懂质粒图谱?
阅读:102次 | 来源:医学科研小坑 | 2024/9/24 8:17:06

一质粒介绍

1.质粒

质粒是生物细胞内固有的、能独立于寄主染色体而自主复制、并被稳定遗传的一类核酸分子。质粒常见于原核细菌和真菌中,绝大多数的质粒是DNA型的,少部分为RNA型。天然DNA质粒大都具有共价、封闭、环状的分子结构,其分子量范围为1-300 kb

天然存在的野生型质粒由于分子量大、拷贝数低、单一酶切位点少、遗传标记不理想等缺陷,不能满足基因工程载体的要求,因此往往需要以多种野生型质粒为基础进行人工构建。


2.质粒特点

1)自主复制:独立存在于细胞内的复制子。一般质粒 DNA复制的质粒可随宿主细胞分裂而传给后代,按质粒复制的调控及其拷贝数可分两类:严紧控制(stringent control)型质粒复制常与宿主的繁殖偶联,拷贝数较少,每个细胞中只有个到十几个拷贝


另一类是松弛控制(relaxed control)型质粒其复制宿主不偶联,每个细胞中有几十到几百个拷贝。每个质粒 DNA 上都有复制的起点,只有 ori能被宿主细胞复制蛋白质识别的质粒才能在该种细胞中复制,不同质粒复制控制状况主要与复制起点的序列结构相关。


3.理想的质粒应具备以下特性:

1)强大的复制能力:确保其在细胞内能够自主复制并大量繁殖,从而有效实现目的基因的扩增;

2)高效的表达能力:作为表达载体,应充分利用宿主细胞的酶系统,实现目的基因的有效表达;

3)高度的稳定性:确保质粒在细胞内能够持续稳定地复制和表达;

4)适宜的酶切位点:即应含有合适的限制性核酸内切酶识别和切割位点,以便于外源基因的插入;

5)明确的遗传标记:以便于对重组体进行筛选和鉴定;

6)较小的分子量:以便能够容纳较大的外源基因,提升质粒的实用性和应用范围。


4.按受体细胞的类型分类:原核载体、真核载体和穿梭载体。

1)原核载体(prokaryotic vector):即能在原核细胞中复制和表达的载体。

2)真核载体(eukaryotic vector):即能在真核细胞中复制和表达的载体。

3)穿梭载体(eukaryotic vector):也叫转移载体(transfer vector)兼具原核载体和真核载体的双重特性,同时包含原核复制起点和真核复制起点,既能在原核生物中高效复制和表达,又能在真核生物中稳定遗传并调控基因表达。如用于枯草杆菌的 pBE2、酵母菌的 pPIC9K、哺乳动物表达载体pMT2 和用于植物细胞的 Ti 质粒,这些穿梭载体不仅可以在大肠杆菌中复制扩增,也可以在相应的枯草、酵母、动物或植物细胞中扩增和表达。


5.按功能与应用分类

1)克隆载体(cloning vector):此类载体具备携带外源基因的能力,可在宿主细胞内进行复制扩增。主要用于克隆和扩增DNA片段(基因),但不包含启动转录、翻译等功能的元件

2)表达载体(expression vector):除包含克隆载体的基本构成元素(oriAmprMCS)外,还具备转录和翻译所必需的DNA序列,即插入的目标基因,

3)干扰基因表达载体:该载体主要用于干扰特定内源性基因的表达,其上含有针对目标基因mRNAshRNA,从而发挥沉默基因表达的作用

4)病毒载体:此类载体基于病毒基因组改造而成,通过去除其致病性并保留其感染性等特性,可进一步包装成病毒颗粒。这为功能基因进入靶细胞或整合至基因组提供了极为便利的手段


6.根据质粒拷贝数分为松弛型质粒和严谨型质粒

1) 松弛型质粒:复制子决定了质粒的拷贝数,调节pMB1质粒复制子的是一种RNA分子,通常具有比较高的拷贝数,其复制的时候不需要自身合成蛋白,并且完全依赖宿主细菌或细胞提供的蛋白质,这一类就是松弛型复制,即使宿主挨饿受冻,它依然不停复制。使用松弛型质粒在细菌里扩增不受约束,一般10个以上的拷贝

2) 严谨型质粒:严谨型质粒拷贝<10 个,像pSC101这一类的质粒需要自身合成RepA蛋白,一旦细胞蛋白质合成受阻,拷贝数就不能增加。

拷贝数是指每个细菌/细胞内质粒的个数,决定了最终所能获得质粒的量。质粒的复制子决定了质粒的拷贝数。质粒的拷贝数与正调控与负调控的相对强度相关,也可通过对复制子进行突变而改变。例如,pMB1的复制子能达到的拷贝数为15-20pMB1的复制子经过改造,得到的pUC质粒拷贝数能够达到500-700。确实,低拷贝数的质粒用途不是十分广阔,主要用于以下两点:

(1)扩增大片段或者在高拷贝数质粒扩增时具有致死的基因克隆。

(2)质粒的扩增会占用大量资源,当载体用于表达或者其他用途时,也会使用上低拷贝质粒。


7.质粒的命名

pUC19pEGFP-N3小写字母p代表质粒“plasmid”2-4个大写字母代表发明者、实验室名称或者其他表型性状(CMV是启动子,EGFP是增强型绿色荧光蛋白)


二、质粒的基本元件

1.复制起点(Origin of replication,ori)

DNA复制起始位点ori负责控制质粒复制的起始,原核生物DNA分子中只有一个复制起始位点;而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。若质粒图谱上只有一个ori,表示质粒是原核克隆及表达质粒;而图谱上有两个ori,则表示该质粒是穿梭质粒,既可以在原核也可以在真核中复制。

2.启动子(promoter, P)

与RNA聚合酶特异性结合,促进基因转录的DNA序列。含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列。

真核细胞含有三类RNA聚合酶,因此真核启动子还分为I、II、III类启动。常见表达或者过表达都是II类启动子,而III类启动子如U6、H1,启动小片段如miRNA、shRNA、sgRNA等,其用于构建shRNA和sgRNA载体进行敲低或敲除操作。

Ⅱ型启动子在使用特点上又可分为三大类:组成型启动子(广泛性启动子)、组织特异性启动子、诱导型启动子。

此外,不同物种的表达体系具有不同的启动子,启动子启动基因表达也有强弱之分,因此我们需要根据自己的需求选择含有相应启动子的质粒。关于启动子的详细介绍见往期推文。

3.增强子(enhancer):增强目的基因转录

4.筛选标记(selectable markers)

多为抗生素抗性基因,方便后续筛选阳性克隆。原核细胞筛选标记常用的是氨苄青霉素/氨苄西林Amp、氯霉素Cam、卡那霉素Kan、四环素Tet等;真核细胞筛选标记用的是嘌呤霉素Puro,新霉素neo/G418,潮霉素Hyg或Hygro等。质粒图谱中用抗生素缩写+R表示,R代表resistance,如AmpR和PuroR等。

5. 多克隆位点(multiple cloning sites,MCS)

外源 DNA的插入位点,通常位于启动子的下游,具有多个核酸内切酶的酶切位点,可通过酶切/连接方式将外源 DNA 插入到质粒。质粒图谱中有些酶切位点右上角标注了“*”,代表可能并不仅仅存在单一限制位点,所以一般不选用标有星号的酶切位点。

6.转录终止信号(polyA  signal)

转录到AAUAAA(AATAAA)之后,mRNA会接上polyA并转录终止。常见的转录终止信号位SV40 polyA,简写为SV40 pA

7. 荧光基因

可以用激光激发产生荧光的蛋白,一般会独立表达或和目的基因融合表达的方式被设计在质粒上,起到示踪、阳性检测、成像的作用。如RFP、mCherry、GFP和EGFP等。

8.蛋白标签

蛋白标签大多为较短的短肽,一般融合表达在目的基因的3’端或5'端,如flag、HA、myc和his等。有了标签,在缺乏针对目的蛋白的抗体时就可以很方便的对目的蛋白做检测了

9.其他调控元件

WPRE:来自土拨鼠肝炎病毒的转录后调节元件,放置在目的基因的上游,能加强目的基因的表达。

cPPT:来自HIV-1整合酶基因,增加慢病毒在宿主基因组的拷贝数,提高病毒滴度。

三、如何阅读质粒图谱

1.首先看箭头方向

质粒图谱上都会存在箭头,箭头方向可以代表转录方向如图中U6、hPGK、AmpR等启动子(白色箭头)的方向,也可以代表复制方向,即 ori(黄色箭头)的箭头方向。设计引物及插入目的基因的方向是根据转录方向(启动子方向)来定的。由于质粒是环状双链DNA,箭头可有顺时针和逆时针方向,代表两条DNA链,它的启动子在其中一条链上,而它的某些基因在另一条链上。

2.看ori鉴别质粒类型

质粒复制起点是质粒DNA分子上启动复制的特定区域,负责精准调控复制的起始,对于质粒的稳定复制至关重要,决定了质粒的宿主和拷贝数。它包含能被复制酶识别的特定序列,确保质粒在宿主细胞内的稳定高效复制,实现目的基因的高效表达。原核生物DNA分子中,仅存在一个复制起始位点,而真核生物DNA分子则具备多个复制起始位点。若质粒图谱中仅展示一个ori,则表示该质粒为原核克隆及表达质粒,适用于原核生物的复制过程。而若图谱上呈现两个ori,则表明该质粒具备穿梭质粒的特性,既能在原核生物中复制,也能在真核生物中复制

3.看启动子确定质粒的作用

该质粒图谱中有7个启动子(白色箭头),U6启动子可用于构建shRNA和sgRNA载体;hPGK和AmpR启动子启动Puro和Amp抗性基因的表达,可用于筛选阳性克隆。T3和T7启动子分别是噬菌体T3和T7 RNA聚合酶的启动子,lac启动子是大肠杆菌乳糖操纵子的启动子,RSV启动子是rous肉瘤病毒增强子/启动子。

4.看筛选标记/抗性基因

多为抗生素抗性基因,用于检测和筛选含有质粒的细胞,主要分为原核筛选标记和真核筛选标记在原核细胞的筛选过程中,常用的标记物质包括氨苄青霉素(Amp)、氯霉素(Cam)、卡那霉素(Kan)以及四环素(Tet)等;而对于真核细胞的筛选,则常采用嘌呤霉素(Puro)、新霉素(neo/G418)、潮霉素(Hyg)等作为标记

5.看多克隆位点

DNA载体上的人工合成序列,是外源基因的插入位点。MCS包含多个限制性酶切位点,每个限制性内切酶位点在整个载体质粒中是唯一的一般可通过酶切后连接的方式将外源DNA插入质粒,多克隆位点一般位于转录启动和转录终止信号之间

6.看转录终止信号

质粒图谱中pA或者poly A代表转录终止信号。

7.荧光标记

有的质粒带有荧光标记,用于直观判断质粒是否转染成功。


 

 
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