在基因克隆、基因测序、荧光定量PCR等实验中需要对目标基因的RNA进行反转录，成为cDNA（互补DNA），这时就需要反转录引物。对于不同的基因，或者不同类型的RNA，反转录的引物也不一样，选对反转录引物是成功反转录的必要条件。
反转录引物主要分为3类：（1）oligo (dT) 引物。（2）随机引物。（3）基因特异性引物。
而目标RNA的种类则较多，常见的RNA主要有：mRNA、tRNA、rRNA、小RNA、非编码RNA、原核生物RNA、降解RNA、含有特殊二级结构的RNA、病毒RNA等。注意，以上RNA可能有重叠分类。在反转录不同的RNA时，所需的反转录引物也是不一样的。
（1）什么时候用oligo (dT) 引物？
oligo (dT) 引物，顾名思义，就是连续12至18个T碱基，有时候也可以延长至20个连续的T。oligo (dT) 引物可以结合mRNA的3'端的polyA，因此常用于反转录含有polyA的RNA，最常见的就是mRNA。oligo (dT) 引物常用于构建真核生物的cDNA文库、目标基因的分子克隆、cDNA的3'RACE扩增法等实验中。因为oligo (dT) 引物可以结合polyA尾巴，所以不能用于反转录降解RNA。
（2）什么时候用随机引物？
随机引物就是随机的6个核苷酸，通俗来说就是随机六聚体，也叫N6或dN6。随机引物结合RNA时随机的，只要6个核苷酸能互补上就能结合并反转录，随机引物对于RNA模板没有特殊要求，因此可以用于rRNA、tRNA、小RNA、非编码RNA、降解RNA、原核生物RNA、某些病毒RNA含有特殊二级结构的RNA等的反转录，通俗来说就是可以用于没有polyA尾的RNA的反转录。注意，随机引物不能用来反转录全长cDNA
（3）什么时候用基因特异性引物？
基因特异性引物就是根据目标基因的序列设计的，只针对目标基因的引物（不是绝对的，因为有些基因序列很相似）。基因特异性引物常用于一步法RT-PCR实验中，或者反转录不含polyA的病毒基因（比如黄病毒基因的反转录）
下面来举几个例子，看完就明白原来这里面还有很多知识点。
例（1）尽管流感病毒基因组中不含有polyA尾，但其感染细胞后，能够在细胞内获得5'帽子和3'polyA尾，因此从流感病毒感染的细胞中扩增基因反转录，可以用oligo (dT) 引物，这时模版其实是病毒的mRNA，而不是vRNA。
因为流感病毒的每个基因节段都含有长度不等的末端重复区（UTR），因此也可以用其基因3'端的一个保守的12nt的序列AGCAAAAGCAGG作为引物来进行反转录，该引物成为Uni-12引物。Uni-12引物序列在8个片段中保守，因此在分别扩增每个基因时，可以额外添加不同基因片段特有的序列/碱基。
例（2）又如黄病毒基因组不含有polyA尾，其在细胞内转录的mRNA也不含有PolyA尾，因此对黄病毒基因进行反转录时需要设计基因特异性引物。
黄病毒基因组结构（Priscilla Gomes da Silva et al. 2023. Antibodies (Basel) ）
在选择反转录引物时，需要根据RNA的类型和特征选择合适的引物，切不可惯性思维。
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