普通PCR即第一代PCR技术，以双链DNA为模板，以dNTP为底物，特异性地扩增双链DNA，然后采用琼脂糖凝胶电泳对产物进行定性分析。
PCR的过程大致可分为高温变性（95℃左右）、低温退火（降至55到60摄氏度之间）、适温延伸（72℃左右、DNA聚合酶最适反应温度）三个基本反应步骤。
在经历一次变性→退火→延伸的流程之后，原本只有1条的DNA双链变成了2条；2次之后是4条；以此类推，经过变性、退火和延伸重复若干个循环后，就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。扩增完成之后对扩增出来的DNA进行检测，只能借助凝胶电泳手段（根据DNA的分子量大小不同对DNA进行分离，从而进行鉴定以及纯化DNA）。
2、实时荧光定量PCR（Quantitative Real-time PCR, qPCR）
实时荧光定量PCR，即第二代PCR，在聚合酶链反应“变性一退火一延伸”扩增过程的“延伸”段，对荧光探针标记的靶基因荧光信号进行实时采集，通过3个参数(荧光信号-Ct值-靶基因的起始浓度)间的关系，最终确定靶基因的拷贝数或基因的表达水平。但由于其绝对定量分析结果依赖于 Ct 值和标准曲线，所以在某种意义上所谓的“定量”也只是相对的。而且在低拷贝靶基因分子模板浓度差异细微的条件下其检测灵敏度、精确度和分辨率都受到了限制。qPCR常用的荧光主要有两种：TaqMan探针法和SYBR Green法。
3、数字PCR（Digital PCR, Dig-PCR, dPCR）
数字PCR即第三代PCR，即绝对定量PCR。基于泊松分布原理，将DNA或RNA样品分散成大量的微反应单元（纳升级）中，对众多微反应单元内的靶序列进行单分子模板 PCR 扩增、荧光检测和统计学分析，不依赖于标准曲线和已知浓度的多个梯度标准品，直接检测样品中核酸的原始浓度，实现绝对定量，具有出色的灵敏度和精确性。
4、逆转录PCR（Reverse T ranscription-PCR,RT-PCR）
逆转录PCR或者称反转录PCR（reverse transcription-PCR, RT-PCR），是一条RNA链被逆转录成为互补DNA（依赖RNA的DNA聚合酶（逆转录酶）逆转录），再以此为模板通过PCR进行DNA扩增（脱氧核苷酸引物和依赖DNA的DNA聚合酶完成），随后每个循环倍增，即通常的PCR。作为模板的RNA可以是总RNA、mRNA或体外转录的RNA产物。
05实时荧光定量逆转录PCR（Real-time RT-PCR, RT-qPCR）
Real-time RT-PCR是qPCR和RT-PCR的组合。
PCR反应体系主要包含以下五种成分：模板（template)、引物（primers)、底物(dNTP)、DNA聚合酶、PCR缓冲液(PCR buffer)。
总结
PCR、qPCR、RT-PCR和RT-qPCR这四种技术都是基于聚合酶链式反应（PCR）的技术，主要区别在于它们的应用领域和检测目标不同。PCR主要用于DNA序列的扩增和检测；qPCR可以实时定量检测DNA或cDNA的含量；RT-PCR主要用于RNA分子的扩增和检测；而RT-qPCR则结合了RT-PCR和qPCR的技术，可以对RNA分子进行定量分析。
PCR
是一种体外扩增DNA分子的技术，利用DNA聚合酶和多个引物在所需温度下扩增目标DNA分子，主要用于DNA序列的扩增和检测，应用广泛，如基因克隆、DNA序列测定等。
qPCR
是一种实时检测PCR过程中荧光信号变化的技术，可以定量检测目标分子的含量。通过在反应体系中加入荧光探针或荧光染料实时监测荧光信号的变化，从而计算出目标分子的拷贝数。qPCR技术主要用于DNA或cDNA的定量分析，如基因表达分析、病毒载量检测等。
RT-PCR
是一种把RNA分子转录为cDNA后，在体外进行DNA扩增的技术。RT-PCR技术结合了反转录和PCR两个步骤，主要用于RNA分子的扩增和检测，如基因转录水平分析、miRNA表达研究等。
RT-qPCR
逆转录实时定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）是一种结合了逆转录PCR和实时定量PCR的技术，可以对RNA分子进行定量分析。RT-qPCR先通过反转录酶将RNA逆转录成cDNA，然后利用qPCR技术对cDNA进行定量分析。RT-qPCR技术广泛应用于RNA表达水平的研究，如基因表达分析、病毒载量检测等。
