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做了等于白干的常见医学科研实验之坑与规避指南
阅读:308次 | 来源:科研吉娃娃 | 2023/11/3 9:32:52

辛辛苦苦花钱花精力花时间做的实验,投稿时候发现白做了?常见的医学科研实验之坑有哪些,值得了解一下。

  1. 细胞污染 

    这里说的细胞污染,是指细胞系被其他细胞系(特别是HELA)污染的意思,当然,避免实验中支原体、细菌等污染也是实验需要的。

    对于研究肝癌与鼻咽癌的,经常会收到这样的审稿意见而抓狂:

    (1)The Bel-7204 and LO2 cell lines are HeLa-contaminated cell lines of non-pure HCC hepatocyte origin.

    (2)As SMMC-7721 cell line used in your study has been reported to be contaminated.

大概的意思就是做实验的细胞有HELA细胞污染,实验结果是不可信的。

杂志社比较认可的细胞是否污染查询工具: https://www.cellosaurus.org/index.html

对于有污染的细胞,不要用于实验,这个是专家的共识,投稿基本都会被质疑拒稿,基金申请遇到较真的也会被直接否定,实验做了真的可能会白做。可以确定一下没有争议的细胞进行实验即可。

如肝癌的Hep3B与Huh-7细胞,鼻咽癌的C666与HNE3。除了这两个其他基本都被质疑污染了。

2. 非特异性染色 ——Western blot,免疫组化、Tunel等等 

    对于蛋白检测,蛋白的细胞定位、条带大小是固定的,那么对于不在目标蛋白定位,不在目的条带大小的结果,除非能合理解释,否则结果都是不对的,这类问题是实验的问题,结果自然也是不可信的。如果被审稿专家发现,自然是要拒稿的。当然,这个一般可以通过实验优化解决。

    蛋白定位的查询:https://www.uniprot.org/

目的条带的大小,一般在检测抗体的官网进行查询

当然,还有一些非蛋白的染色,如Tunel与Edu染色,这两个染色理论上应该定位在细胞核中,如在细胞质或者细胞外有染色,那可能是非特异性染色,结果也是不可信的。

3. 非全膜带maker的western blot实验

    western blot实验是医学科研实验最常见的实验了,前些年基本对这个实验没有太多要求,有条带用于展示就行,但是因为是最常见的实验,涉及的造假过多,目前70%以上杂志基本都要求提供全膜带maker的western blot实验结果。基于成本考虑,之前大多公司和学生都是按切膜进行的western blot,但目前许多杂志投稿直接要求上传全膜带maker的原始结果在补充材料中,或者审稿的时候要求提供,没有都是直接拒稿的——建议直接上传到补充材料里或提供数据分享链接,减少审稿时间。

4.特征非规范的显微镜图片

    对于显微镜图片,杂志有基本的要求:1)分辨率300 PPI以上 2)有比例标尺。3)具有代表性

    分辨率不够后期是调整不了的,不过现在大多仪器都满足这个基本要求了。比例尺这个可以后期添加,导图时候最好选择添加。对于具有代表性,首先是能说明实验结论,其次是有代表性的,如对于病理组织切片,肾组织切片需要截图肾小球,海马组织需展示CA1、CA2、CA3区和海马回等各个区域等。

     这些要求如没有满足,都可能在审稿阶段要求添加,如无法满足基本都是直接拒稿的。

5. 未进行全数据备份

    对于一份实验结果,一般需要原始机器检测数据、分析数据。特别是对于测序结果,原始测序数据一般都是要求上传GEO等公共平台的。而对于流式检测,一般要求提供Fcs原文件与门控策略,不能只是散点图。

    这些建议在稿件中直接提供共享链接,审稿基本都要求提供,如无法提供基本都是会拒稿的。

6. 非合理分组

    对于投稿经常被要求增加的分组:

1)上调与下调的分别对照:有些研究者认为都是阴性对照(NC),对于上调与下调都只设置一个阴性对照,而过表达与沉默的载体不同,故其对照也需要单独设置。部分杂志还要求设置空细胞(mock)作为监控。而近些年,对于miRNA的研究,也要求对mimic与inhibitor设置不同的对照。

2)基因沉默或敲除的脱靶验证:对于siRNA与cas9的sgRNA,特别是3分以上杂志,基本都要求进行脱靶的验证,这里一般是需要设置2个靶点的实验进行验证,或者设置回复实验分组。

3)西药阳性药物对照组:对于中药的研究,被要求最多的就是设置梯度的药物浓度(低、中、高浓度)与西药阳性药物对照组。这个也好理解,就是梯度处理后看变化,以及是否有效,也应该有一个公认有效的药物来比较才更靠谱。

对于这些非合理分组,对于编辑要求的增加分组,这实验基本就得全部重做,因为你不可能只去做那个增加的分组,这样是不合理的,数据也很难整合一起比较。

7. 预警与“野鸡”杂志 

    实验做完了,文章已发表了,评职称的时候发现单位不认可?是不是一个头三个大?那就了解一下预警与“野鸡”杂志

    对于预警杂志,这个大家基本应该了解,就是单位或国际的预警期刊,这个一般单位都有发布预警的杂志列表,只要不是列表上的基本都可以被单位认可,警惕些的,可以再关注下国际预警期刊杂志列表

中国科学院文献情报中心发表的《国际期刊预警名单》:https://earlywarning.fenqubiao.com/#/    

    还有一类杂志,大家应该听说过“野鸡”大学,就是非公认的大学,我们称这里杂志为“野鸡”杂志,这类杂志大多是ESCI(Emerging Sources Citation Index),而非SCI或SCIE,这里杂志大多是在你投稿被拒稿的时候,杂志“好心”给你推荐的杂志,然后正规杂志拒稿这边直接接收。一些网站查询,这个杂志好像也是SCI,经常防不胜防。


 

 
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