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内参的选择
阅读:297次 | 来源:生物医学资讯 | 2023/5/9 8:35:05

western blotWB)实验中内参蛋白是非常重要且必须的一部分,内参蛋白通常是由细胞中管家基因编码的蛋白,内参保证了每个泳道中蛋白上样量相同,不同泳道上的蛋白以相同的效率从凝胶转到膜上,不同泳道上抗体孵育(包括一抗和二抗)、信号检测都是一致的,是量化目的蛋白相对表达量的重要标尺。

1. 理想的内参蛋白需满足的条件理想的内参蛋白应满足以下条件:

1)高度或中度表达,排除太高或低表达

2)在测试条件下内参蛋白水平要保持恒定(与总蛋白量相比),例如,用特定药物处理或未经特定药物处理、正常细胞和癌细胞、细胞周期以及细胞是否活化、内源性或外源性因素等;

3)内参蛋白和目的蛋白相对分子量有差异,内参和目标蛋白的检测限都在动态范围内,可在信号不饱和的情况下揭示内参和目标蛋白量的变化。

2. 哺乳动物细胞中常用的内参

全细胞或细胞浆中:GAPDH、β-Actin、β-Tubulin、Vinculin等;

细胞核中:Lamin B1、TBP、HDAC、PCNA、Histone H3等;

线粒体中:HSP60、COX IV等。

(1) GAPDH甘油醛-3-磷酸脱氢酶在糖酵解过程中将3-磷酸甘油醛进一步磷酸化的一个酶,其编码基因属于管家基因,广泛表达于各种细胞组织中,表达相对稳定,故常常用来作为western blot的内参。GAPDH会随着组织老化表达水平发生变化,因此不适合在年龄差别很大的组织样本中作上样内参;缺氧时GAPDH聚集,表达上调,因此不能在涉及氧气的相关研究中作为内参;此外,GAPDH是糖酵解过程中的一个酶,故在研究肿瘤代谢过程时应慎用。

(2) β-Actinβ肌动蛋白,一种非肌型肌动蛋白,也是一类常见的管家基因编码的蛋白质,主要功能是组成细胞的骨架。在各种组织中广泛表达,表达水平相对恒定。但在胞质分裂、内吞或应激等进程中,细胞骨架重组信号刺激纤丝状肌动蛋白的片段化和解聚原发性乳腺癌细胞中肌动蛋白高度磷酸化;在凋亡条件下,心肌和骨骼肌中均能观察到β-Actin的清除,因此,在相关研究中需要谨慎选择。

(3) β-Tubulin:是Tubulin(微管蛋白)家族中的一员,微管蛋白在物种间高度保守,不同亚型的微管蛋白也有显著的同源性。β-Tubulin是一类重要的管家基因编码的蛋白,在细胞周期过程中扮演重要角色,广泛用于作为WB内参。微管蛋白是多种药物的作用靶点,如抗癌药物紫杉醇、长春碱和长春新碱,抗痛风药物秋水仙碱和抗真菌药物灰黄霉素,因此有这些药物作用时,内参勿选Tubulin

(4) Lamin B1核纤层蛋白B1核纤层蛋白是一种核膜结构组分,用于支撑核被膜并参与细胞周期中核被膜的解体和再形成,对维持正常的细胞功能(如细胞周期控制、DNA复制)非常重要。Lamin B1在物种间高度保守,常用于有核被膜的样品作为内参。在细胞凋亡时,Lamin B1可被caspase剪切,另外,核纤层细胞B1基因LMNB1的复制与神经系统疾病,成年期发病脑白质营养不良的发病机制相关,在相关研究中应予以注意。

总之,选择内参主要考虑以下方面:   

 (1)样本种属来源,哺乳动物的组织或者细胞样本,植物、昆虫等来源样本,适用的内参各不相同;    

2)目的蛋白分子量,通常应该保证目的蛋白与内参蛋白分子量相差5kDa以上,此外,不同公司、同一公司不同货号的抗体相对分子量大小也会有些差异;   

 (3)目的蛋白表达部位,全细胞和胞浆蛋白、胞核蛋白、核膜蛋白、线粒体蛋白等都有对应的内参蛋白供选择;   

 (4)实际的实验环境,比如某些细胞中,由于组织缺氧、糖尿病等因素会导致GAPDH的表达增高;在凋亡实验时,Lamin B1等不适合作为内参;在加入抗癌和抗真菌药物时,β-Tubulin的表达易受影响,不适合作为内参;

(5)组织特异性,不同内参蛋白在不同组织中的表达可能不一样,因此不同的组织应选择不同的内参。

 

 
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