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10分的文章是怎么样研究circRNA的?
阅读:505次 | 来源:来源:实验万事屋 作者:右哉 | 2019/9/24 9:04:21

这篇并不是纯讲信号通路的文章,而是一篇讲circ-RNA的文献:



不用查了,就是上次从7分上10分的那本Molecular Cancer……这次的主角是AKT的circRNA,因为他们是一步步做出来的,所以夏老师会讲得慢一点,今天估计是讲不完的,机制研究部分就下次再讲了。


首先他们通过RNase-R富集,通过测序,获得了差异的circ-RNA:



就二代测序这一步就已经差不多宽油劝退了,还要RNase-R富集,原理差不多是这样的:



RNase-R是一种会消化线性RNA的RNA酶,所以经过RNase-R处理后,样本中就只剩下环状的RNA了。


接着自然是进行PCR之类的验证,circRNA的引物只能在环状交接处设计,这样才能只扩增出环状RNA,而线性的无法扩增出产物:



当然,为了进行验证,还需要进行circRNA的敲减,而shRNA的位置,也必须设计在环状的交接点上,否则会误敲掉正常的线性mRNA:



对于这个circRNA的定位分析,发现她主要出现在胞质中:



这说明啥呢?说明吧,这玩意应该不会参与转录调控,调控的功能应该在转录后或者是翻译阶段。


于是他们分析了一下这个circRNA的序列,发现了上面存在的IRES序列,也就是翻译起始位点:



进而发现这个circRNA能翻译出一个较短的蛋白,为了验证这个IRES序列的翻译起始功能,他们做了双荧光的验证……


这个验证方法是差不多这样、:



由CMV启动翻译一个海参的荧光素酶(RLuc,作为内参对照),后面接上IRES接着的萤火虫荧光素酶(Luc),如果IRES能启动翻译,则两个荧光素酶都起作用,如果IRES无法启动翻译,则只有前面的RLuc会起效。以此他们发发现了这个circRNA的IRES序列有启动翻译的功能,接着还打质谱验证了这个蛋白……


然后经过分析发现,这个AKT3-174aa的蛋白表达量高的,生存曲线更好看(本身就是在肿瘤中低表达circRNA中筛选出来的),而AKT3不存在这种相应关系:



确定了一个这样的蛋白,那接下去就是做相应的功能试验了:



蓝儿,这样简单的功能试验并不能说明蛋白的问题,同时,需要排除掉是circRNA的其他功能,导致了这些表型的产生,于是他们做了这样的验证:



也就是在敲减掉circRNA的条件下,做了一个线性的AKT3-174aa的过表达载体(当然,应该会在对应位点密码子上进行简并性的突变,否则就全敲掉了)。以此确认,真正对肿瘤细胞产生功能的,是这个由circRNA翻译出来的这个短片段蛋白:



 

 
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