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献给初学者:PCR 常见问题分析
阅读:682次 | 来源:生物学霸 | 2016/8/30 15:09:05


PCR 常见问题



1没有扩展条带


可能的原因及对应的解决方案如下:


  • 酶失活或在反应体系中未加入酶。Taq DNA 聚合酶因保存或运输不当而失活,往往通过更换新酶或用另一来源的酶以获得满意的结果。

  • 模板含有杂质。特别是对甲醛固定及石蜡包埋的组织常含甲酸,造成 DNA 脱嘌呤而影响 PCR 的结果。

  • 变性温度是否准确:PCR 仪指示温度与实际温度是否相符,过高酶在前几个循环就迅速失活;过低则模板变性不彻底。

  • 反应系统中污染了蛋白酶及核酸酶,应在未加 Taq 酶以前,将反应体系 95℃ 加热 5~10 分钟。

  • 引物变质失效。人工合成的引物是否正确。是否纯化,或因储存条件不当而失活。

  • 引物错误。利用 BLAST 检查引物特异性或重新设计引物。

  • DNA 凝胶电泳时加入阳性对照,确保不是 DNA 凝胶和 PCR 程序的问题。


2PCR 产物量过少


可能的原因和对应的解决方案如下:


  • 退火温度不合适。以 2 度为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

  • DNA 模板量太少。增加 DNA 模板量。

  • PCR 循环数不足。增加反应循环数。

  • 引物量不足。增加体系中引物含量。

  • 延伸时间太短。以 1 kb/分钟的原则设置延伸时间。

  • 变性时间过长。变性时间过长会导致 DNA 聚合酶失活。

  • DNA 模板中存在抑制剂。确保 DNA 模板干净


3

扩增产物跑电泳条带弥散


可能的原因和对应的解决方案如下:

  • 酶量过高。减少酶量;酶的质量差,调换另一来源的酶。

  • dNTP 浓度过高。减少 dNTP 的浓度。

  • MgCl₂ 浓度过高。可适当降低其用量。

  • 模板量过多。质粒 DNA 的用量应<50 ng,而基因组 DNA 则应<200 ng。

  • 引物浓度不够优化。对引物进行梯度稀释重复 PCR 反应。

  • 循环次数过多;增加模板量减少循环次数至 30,缩短退火时间及延伸时间,或改用二种温度的 PCR 循环。

  • 退火温度过低。

  • 电泳体系有问题:

①凝胶中缓冲液和电泳缓冲液浓度相差太大;

②凝胶没有凝固好;

③琼脂糖质量差。

  • 若为 PCR 试剂盒则可能:

①由于运输储存不当引起试剂盒失效;

②试剂盒本身质量有问题,如引物选择、循环参数等选择不当。

  • 降解的陈旧模板扩增也易产生涂布。


4扩展产物出现杂带


可能的原因和对应的解决方案如下:


  • 引物用量偏大,引物的特异性不高。应调换引物或降低引物的使用量。

  • 循环的次数过多。适当增加模板的量,减少循环次数。

  • 酶的用量偏高或酶的质量不好,应降低酶量或调换另一来源的酶。

  • 退火温度偏低,退火及延伸时间偏长。应提高退火温度,减少变性与延伸时间,也可采用二种温度的 PCR 扩增。以 2 度为梯度设计梯度 PCR 反应优化退火温度。

  • 样品处理不当。

  • Mg2+ 浓度偏高,因适当调整 Mg2+ 使用浓度。

  • 若为 PCR 试剂盒,也可能时试剂盒本身质量有问题。

  • 复制提前终止。使用非热启动的聚合酶时常有发生。冰上准备反应体系或采用热启动聚合酶。

  • 反应缓冲液未完全融化或未充分混匀。确保反应缓冲液融化完全并彻底混匀。

  • 引物特异性差。利用 BLAST 检查引物特异性或重新设计引物。

  • 引物量过多。减少反应体系中引物的用量。

  • 模板量过多。质粒 DNA 的用量应<50 ng,而基因组 DNA 则应<200 ng。

  • 外源 DNA 污染。确保操作的洁净。


5条带大小与理论不符


可能的原因和对应的解决方案如下:


  • 污染。使用全新的试剂和枪头,对工作台进行清洁。

  • 模板或引物使用错误。更换引物和模板。

  • 基因亚型。对研究的基因进行序列分析和 BLAST 研究。


6阴性对照出现条带


可能的原因和对应的解决方案如下:


  • 试剂,枪头,工作台污染。使用全新的试剂和枪头,对工作台进行清洁。

 

 
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